ลำน้ำส่วนใหญ่เป็นลำน้ำที่ไหลผ่านทุ่งราบ  คดเคี้ยวไปตามความสูงต่ำของพื้นที่  ความลาดชันน้อย  ความลึกไม่มากขอบตลิ่ง
ไม่สูงจากพื้นที่มาก  ในขณะใดที่มีปริมาณฝนมากน้ำจะไหลล้นฝั่งเข้าสู่ทุ่งราบบริเวณฝั่งตะวันออกของโครงการฯ  ปัจจุบัน
ได้ถูกดัดแปลงให้เป็นคลองระบายน้ำของโครงการ  ทำหน้าที่ระบายน้ำ  จากอำเภอสองพี่น้อง  จังหวัดสุพรรณบุรี  อำเภอ
กำแพงแสน  อำเภอบางเลน  อำเภอดอนตูม  จังหวัดนครปฐม  ลงสู่แม่น้ำสุพรรณบุรี

แหล่งน้ำต้นทุนที่นำมาใช้ในการชลประทาน  ของโครงการส่งน้ำฯ  ได้รับน้ำจากแหล่งน้ำสำคัญ  2  แห่งคือ
1.เขื่อนศรีนครินทร์  สร้างโดยการไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทย  ตั้งอยู่ท้องที่บ้านเจ้าเณร  ต.ท่ากระดาน
 อ.ศรีสวัสดิ์  จ.กาญจนบุรี  ห่างจากเขื่อนวชิราลงกรณ์ขึ้นไปตามลำน้ำแควใหญ่  ประมาณ  94  กม.
 มีความจุประมาณ  17,750  ล้านลูกบาศก์ระดับเก็บกักสูงสุด+180  เมตรระบายน้ำได้สูงสุด2,420ลบ.ม./วินาที
  เป็นเขื่อนที่ใช้ผลิตกระแสไฟฟ้าและระบายน้ำส่วนนั้นลงมายังเขื่อนวชิราลงกรณ์เพื่อใช้ในการชลประทานต่อไป
2.เขื่อนเขาแหลม  สร้างโดยการไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทย  ตั้งอยู่ที่ลำน้ำแควน้อย  ท้องที่บ้านเขาแหลม 
ต.ท่าขนุน  อ.ทองผาภูมิ  จ.กาญจนบุรี  ห่างจากเขื่อนวชิราลงกรณ์ขึ้นไปตามลำน้ำแควน้อยประมาณ  165  กม
.  มีความจุประมาณ  9,500  ล้านลูกบาศก์  ระดับเก็บกักสูงสุด  +160.5  เมตร  ระบายน้ำได้สูงสุด  4,400
 ม3/วินาที  เป็นเขื่อนที่ใช้ผลิตกระแสไฟฟ้าและน้ำที่ปล่อยจากเขื่อนเขาแหลมนี้  จะช่วยเหลือการชลประทานที่
เขื่อนวชิราลงกรณ์